Questa regione è caratterizzata da scarse piogge e soltanto nella zona settentrionale, che risente dell'influenza della Controcorrente Equatoriale, si possono registrare precipitazioni intense ed abbondanti. Racchiusa tra le pendici delle Ande peruviane e l'Oceano Pacifico, la Costa è attraversata da molti fiumi che, scendendo dai versanti andini, creano numerose oasi in cui si sviluppano i principali centri agricoli della regione. Questi fiumi, che si originano nella regione andina, hanno un corso molto breve ed irregolare, alternando periodi di secca, durante la maggior parte dell'anno, ad ingrossamenti stagionali, generalmente d'estate. I fiumi Saña, Ica, Piura, La Leche, Chincha e Mala hanno un regime irregolare e in alcuni anni arrivano a prosciugarsi prima di arrivare al Pacifico; l'unico navigabile è il Tumbes. I fiumi Zarumilla, Chira, Santa, Ocoña, Reque, Jequetepeque, Chicama, Fortaleza, Pativilca, Huaura, Chancay, Chillón, Cañete e Camaná durante l'anno hanno un regime pressoché costante, e mostrano notevoli crescite tra i mesi di dicembre e marzo.
Immediatamente ad est della Costa si estende la regione della Sierra, che occupa più della metà dell'intero territorio dello Stato ed è costituita dalla sezione peruviana della Cordigliera delle Ande. Le catene principali sono: l'Orientale, la Negra, la Centrale, l'Occidentale, la Blanca; queste montagne, che si trovano a ridosso della zona costiera, raggiungono a soli 100 km dalla Costa i 6.000 metri di altezza con le cime maggiori: Huascarán, Salcantay, Coropuna, ricoperte da ghiacciai. In effetti, le Ande peruviane non terminano al confine con la zona costiera, ma continuano nel fondo oceanico inabissandosi in una fossa marina molto profonda; trattandosi di una catena montuosa ancora in fase di assestamento e di sollevamento, la zona è caratterizzata da una forte instabilità geologica con frequenti scosse di terremoto e dalla presenza di molti vulcani attivi. Questa regione, in cui vive circa la metà della popolazione del Paese, è caratterizzata da versanti molto ripidi in cui si aprono gole profonde e spesso inaccessibili; le vie di collegamento sono poche e spesso in pessime condizioni. Nella Sierra si trovano le principali risorse minerarie del paese: argento, zinco, piombo, rame ed oro, così come la maggior parte dei suoi allevamenti di bestiame.
La Selva, che occupa circa la metà della superficie del territorio nella parte più orientale del Perù, e si divide in Selva Alta e Selva Bassa, è formata dal versante orientale delle Ande, il quale, rispetto alla zona della Sierra, presenta montagne meno ripide, e da una zona pedemontana che confluisce nel bacino amazzonico formando una pianura alluvionale. Nella Selva Alta, caratterizzata dai rilievi andini, tra le vette delle montagne si inseriscono delle valli, le più grandi delle quali sono quelle di Jaén, Bagua, Huallaga Central, Satipo e Oxapampa. Pur occupando una vasta area, questa zona è la meno abitata; le strade coprono solo pochi tratti del territorio ed i mezzi di comunicazione più utilizzati sono quelli fluviali od aerei. La Selva costituisce la zona più fertile del paese con vegetazione subtropicale ed è ricoperta da una fitta foresta equatoriale in gran parte inesplorata. La vegetazione è rappresentata da boschi tropicali, con la presenza di alberi da legname o da resine, di palme e vari tipi di orchidee. La Selva amazzonica ha inoltre immense risorse naturali, tra cui il petrolio che si estrae nella parte nord-orientale. La fauna in questa regione è molto diversificata; nelle zone montane vivono puma, giaguari e cinghiali, mentre nel bacino amazzonico si trovano vari tipi di serpenti, pappagalli ed altre specie di uccelli. I fiumi, abitati da caimani e tartarughe, offrono anche una grande diversità di pesci. Nella Selva Bassa si alleva inoltre lo zebù ed altro bestiame caratteristico delle zone amazzoniche.